# Lee la base de datos de la direccion general de epidemiologia que ya descargaste `read_datos_abiertos` Lee los datos abiertos almacenados en tu base de `duckdb` que bajaste con `descarga_datos_abiertos`. Intenta de manera automática determinar si los lee de `duckdb`, `csv` ó `zip` UTF-8 ```r read_datos_abiertos( datos_abiertos_path = NULL, dbdir = tempfile(fileext = ".duckdb"), tblname = "covidmx", pragma_memory_limit = Sys.getenv("pragma_memory_limit"), drv = duckdb::duckdb(), colClasses = get_col_class(), read_format = c("duckdb", "tibble"), ... ) ``` ## Arguments - `datos_abiertos_path`: (obligatorio ) Camino a los datos abiertos si son un `zip`, un `csv` o un `.duckdb` - `dbdir`: (opcional ) Direccion donde guardar la base de datos con terminacion `.duckdb`. Corresponde al argumento de `duckdb::dbConnect__duckdb_driver()` - `tblname`: (opcional ) Nombre de la tabla de `duckdb` donde guardar los datos por default se llama `covidmx`. Solo es relevante si estas usando el mismo `dbdir` para otro proyecto distinto. - `pragma_memory_limit`: (opcional ) Limite de memoria para el programa (ver [PRAGMAS](https://duckdb.org/docs/sql/pragmas)). Cambialo a que sea mas o menos la mitad de tu RAM. La forma mas sencilla es como una variable ambiental con `Sys.setenv('pragma_memory_limit' = '1GB')` por ejemplo para un limite de 1 gigabyte. - `drv`: (opcional ) Un driver para `dbConnect` (default `duckdb::duckdb()`) - `colClasses`: (opcional ) Clases de la columna para leer en `duckdb::read_csv_duckdb()`. - `read_format`: (opcional ) `"duckdb"` o `"tibble"` establece el formato de lectura de la base de datos. En la mayoria de los casos `"tibble"` va a resultar en un error de memoria. La opcion de `"duckdb"` siempre es mas rapida por lo cual es el default. - `...`: (opcional ) parametros adicionales para `descarga_datos_abiertos()` ## Returns Lista de valores: * dats - Tabla conectada mediante `DBI::dbConnect` (si `duckdb`) o tibble (si `tibble`) * disconnect - Funcion para cerrar la conexion a la base de datos. * dict - Lista de `tibble`s con el diccionario de datos para cada variable ## Note Para guardar tu base con `duckdb` cambia el `dbdir` a un archivo `.duckdb`. Como ejemplo `dbdir = "ejemplo.duckdb"`. ## Examples ```r #Archivo temporal donde guardar las cosas es cualquier .duckdb file_duck <- tempfile(fileext = ".duckdb") #Estos links deben omitirse en una corrida normal. Se incluyen por ahora como ejemplo #pero las opciones site.covid.dic y sites.covid deben eliminarse de abajo. dlink <- "https://github.com/RodrigoZepeda/covidmx/raw/main/datos_abiertos_covid19.zip" diclink <- "https://github.com/RodrigoZepeda/covidmx/raw/main/diccionario_datos_covid19.zip" if (RCurl::url.exists(dlink) & RCurl::url.exists(diclink)){ # EJEMPLO 0: Descarga los datos abiertos en archivo file_duck descarga_datos_abiertos(dbdir = file_duck, sites.covid = dlink, show_warnings = FALSE, site.covid.dic = diclink)$disconnect() # EJEMPLO 1: Lee los datos de duckdb una vez descargados datos_covid <- read_datos_abiertos(file_duck, show_warnings = FALSE, site.covid.dic = diclink) # Lee duckdb datos_covid$disconnect() # EJEMPLO 2: Lee los datos desde un zip descargado # Descarga archivos de la DGE y guarda el zip direccion_zip <- descarga_db_datos_abiertos_tbl(sites.covid = dlink, show_warnings = FALSE) # Lee zip datos_covid <- read_datos_abiertos(direccion_zip, dbdir = file_duck, show_warnings = FALSE, site.covid.dic = diclink) datos_covid$disconnect() # EJEMPLO 3: Lee los datos desde un zip descargado # Descarga archivos zip de la DGE direccion_zip <- descarga_db_datos_abiertos_tbl(sites.covid = dlink, show_warnings = FALSE) direccion_csv <- unzip_db_datos_abiertos_tbl(direccion_zip) # Descomprime el zip para tener csv # Lee los csv datos_covid <- read_datos_abiertos(direccion_csv, dbdir = file_duck, show_warnings = FALSE, site.covid.dic = diclink) datos_covid$disconnect() # EJEMPLO 4: Si ya tenias el diccionario lo puedes agregar # Simula la idea de ya tener el diccionario diccionario <- descarga_diccionario(show_warnings = FALSE, site.covid.dic = diclink) datos_covid <- read_datos_abiertos(file_duck, diccionario = diccionario, show_warnings = FALSE) datos_covid$disconnect() # EJEMPLO 5: Si ya tenias el diccionario como archivo zip # Descarga el diccionario para tenerlo como zip diccionario_zip <- descarga_db_diccionario_ssa(show_warnings = FALSE, site.covid.dic = diclink) datos_covid <- read_datos_abiertos(file_duck, diccionario_zip_path = diccionario_zip, show_warnings = FALSE) datos_covid$disconnect() # EJEMPLO 6: Si ya tenias el diccionario como archivo xlsx # Descarga el diccionario para tenerlo como zip diccionario_zip <- descarga_db_diccionario_ssa(show_warnings = FALSE, site.covid.dic = diclink) # Abre el csv del diccionario diccionario_csv <- unzip_db_diccionario_ssa(diccionario_zip) datos_covid <- read_datos_abiertos(file_duck, diccionario_unzipped_path = diccionario_csv, show_warnings = FALSE ) datos_covid$disconnect() } ``` ## See Also `descarga_datos_abiertos()` `descarga_datos_red_irag()` `descarga_datos_variantes_GISAID()` `casos()`

read_datos_abiertos function